Županijska oblast Primorsko-goranske županije je leta 1999 ustanovila Županijsko pristaniško upravo Mali Lošinj za upravljanje, gradnjo in uporabo pristanišč, odprtih za javni promet, ki so županijskega in lokalnega pomena.

Županijska pristaniška uprava Mali Lošinj (v nadaljnjem besedilu: ŽPU Mali Lošinj) ima v svoji pristojnosti dvajset večjih in manjših pristanišč , pri čemer je pristanišče Mali Lošinj z bazenom Poljana / pristanišče Runjica odprto za javni promet županijskega pomena, medtem ko so druga pristanišča lokalnega pomena, to so namreč pristanišča: Baldarke, Ilovik, Jadrišćica, Nerezine-bazen Biskupija, Osor, Rovenska, Srakane Vele, Sv. Martin, Susak, Unije, Veli Lošinj, Ružmarinka - Artatore, Maračol - Unije, Bijar, Ul - Punta Križa, Rapoća - Ufratar, Mrtvaška, Sv. Jakov - Studenac in Zela - Koromačna - Belej. Območje pristojnosti Županijske pristaniške uprave Mali Lošinj leži na šestih otokih arhipelaga Cres-Lošinj. Pristaniška uprava je neprofitna pravna oseba, katere ustanovitev, organizacija in dejavnost ureja Zakon o pomorskem pravu in morskih pristaniščih (N.N. 158/03).

Organi, ki vodijo ŽPU Mali Lošinj, sta Upravni odbor in direktor.

Upravni odbor ima pet članov, od katerih dva člana in predsednika imenujejo ustanovitelji, enega člana imenuje minister iz uprave za pomorstvo, na območju katere se nahaja sedež pristaniške uprave, enega člana pa imenujejo predstavniki pooblaščenca koncesije, ki imajo koncesije na območju pristaniške uprave. Mandat članov Upravnega odbora in predsednika traja štiri leta. Člani Upravnega odbora so vanj lahko ponovno imenovani. Predsednik Upravnega odbora je g. Loris Rak, dipl. iur., člani so g. Branko Domac, g. Dejan Nekić, v.d. Kap. Stotnik. Marko Satalić in g. Elvis Živković.

Direktorja imenuje Upravni odbor ŽPU Mali Lošinj, na podlagi javnega razpisa in predloga komisije, toda s soglasjem ministra, za obdobje štirih let. Ista oseba je lahko ponovno imenovana za direktorja. Direktor je za svojo dejavnost odgovoren Upravnem odboru in Županu. Direktor ŽPU Mali Lošinj je g. Filip Balija. V pristaniščih, odprtih za javni promet, se opravljajo štiri osnovne pristaniške dejavnosti, in sicer:

• privez in odvez ladij, jaht, ribiških, športnih in drugih plovil ter plavajočih objektov
• natovarjanje, raztovarjanje, pretovarjanje, prenos in skladiščenje blaga in drugih materialov
• vkrcanje in izkrcanje potnikov in vozil
• druge gospodarske dejavnosti, ki so s temi dejavnostmi v neposredni gospodarski, transportni ali tehnološki zvezi

Pravica do opravljanja pristaniških dejavnosti, uporabe obstoječih podgradnje in nadgradnje ter gradnje novih stavb in drugih objektov nadgradnje in podgradnje se pridobi na podlagi koncesije. Koncesije se lahko podelijo pravni in fizični osebi, ki je registrirana za opravljanje obrta in izpolnjuje pogoje, predpisane z Zakonom.

ŽPU in pooblaščenci koncesije v pristaniščih morajo sestaviti Pravilnik o pogojih in načinu vzdrževanja reda v pristanišču, ki določa namen posameznih delov pristanišča in prometni tok v pristanišču, in ki ga potrjuje pristojna uprava za pomorstvo.